Қоршаған орта мен табиғи ресурстар мониторингінің бірыңғай мемлекеттік жүйесін жүргізу үш деңгейде жүзеге асырылады:
- 1) жергілікті деңгейде өндірістік мониторинг, қоғамдық мониторинг және жергілікті атқарушы органдар елді мекендердің нақты учаскелерінде, елді мекендерден тыс жерлерде, жерүсті және жерасты су объектілерінен тыс жерлерде, ерекше қорғалатын табиғи аумақтарда ұйымдастыратын мониторинг түрлері жүргізіледі;
- 2) өңірлік деңгейде өңірлердің физикалық-географиялық және экономикалық ерекшеліктері, экологиялық жүктемесі бар аймақтардың және қоршаған орта жай-күйі мен табиғи ресурстарды пайдалануға ықпал ететін табиғи және антропогендік факторлар кешенінің бар-жоғы ескеріле отырып, әкімшілік-аумақтық бірліктер шегінде мониторинг түрлері жүргізіледі;
- 3) республикалық деңгейде Қазақстан Республикасының бүкіл аумағын қамтитын, қажет болған кезде жалпымемлекеттік маңызы бар ірі өңірлер мен жекелеген объектілер бөліне отырып, мониторинг жүргізіледі.