Су қорын пайдалану мен қорғау саласындағы басқару құрылымы кешендiлiгi мен қоса бағыныстылығы ескерiле отырып, мынадай деңгейлерге бөлiнедi: 1) мемлекетаралық; 2) мемлекеттiк; 3) бассейндiк; 4) аумақтық.