Ведение Единой государственной системы мониторинга окружающей среды и природных ресурсов осуществляется на трех уровнях:
1) на местном уровне проводятся производственный мониторинг, общественный мониторинг и виды мониторинга, организуемые местными исполнительными органами на конкретных участках населенных пунктов, земель вне населенных пунктов, поверхностных и подземных водных объектов, на особо охраняемых природных территориях;
2) на региональном уровне проводятся виды мониторинга в пределах административно-территориальных единиц с учетом физико-географических и экономических особенностей регионов, наличия экологически нагруженных зон и комплекса природных и антропогенных факторов, оказывающих влияние на состояние окружающей среды и использование природных ресурсов;
3) на республиканском уровне проводится мониторинг, охватывающий всю территорию Республики Казахстан с выделением при необходимости крупных регионов и отдельных объектов, имеющих общегосударственное значение.