Бассейновые инспекции осуществляют следующие функции:
1) комплексное управление водными ресурсами гидрографического бассейна на основе бассейнового принципа;
2) координацию деятельности субъектов водных отношений по использованию водных ресурсов с целью достижения положительного экономического эффекта, разумного, справедливого и экологически устойчивого водопользования;
3) подготовку и реализацию бассейновых соглашений о восстановлении и охране водных объектов в пределах соответствующего бассейна;
4) осуществление государственного контроля за использованием и охраной водного фонда, соблюдением физическими и юридическими лицами водного законодательства Республики Казахстан;
5) ведение государственного учета, государственного водного кадастра и государственного мониторинга водных объектов по бассейнам совместно с уполномоченным государственным органом в области охраны окружающей среды, уполномоченным органом по изучению недр;
6) выдачу, приостановление действия, продление и переоформление разрешения на специальное водопользование, а также прекращение права специального водопользования в порядке, установленном настоящим Кодексом;
6-1) заверяют налоговую отчетность по плате за пользование водными ресурсами поверхностных источников до представления в налоговый орган;
7) согласование:
8) участие в работах по ликвидации последствий, возникших в результате наступления чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера;
9) установление лимитов водопользования в разрезе областей, городов республиканского значения, столицы, районов и первичных водопользователей;
9-1) участие в организации и проведении конкурса по предоставлению водных объектов в обособленное или совместное пользование;
11) осуществление контроля за режимом работы водохранилищ совместного пользования, крупных водохранилищ межотраслевого, межобластного и межгосударственного значения;
11-1) осуществление контроля за соблюдением физическими и юридическими лицами установленных водных сервитутов при использовании водных объектов, предоставленных в обособленное или совместное пользование;
12) разработку планов забора воды и вододеления по межобластным, межрегиональным, межгосударственным водным объектам и контроль за их соблюдением;
13) согласование схемы комплексного использования и охраны вод соответствующего бассейна, правил эксплуатации водных объектов и водохозяйственных сооружений;
14) участие в разработке водохозяйственных балансов по соответствующему бассейну;
15) согласование предложений о предоставлении водных объектов в обособленное и совместное пользование и условий водопользования в них;
16) предъявление в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан, требований о прекращении финансирования, проектирования и строительства водохозяйственных и иных объектов, влияющих на состояние вод, осуществляемых с нарушением установленных норм и правил в области использования и охраны водного фонда, водоснабжения и водоотведения;
17) передачу материалов о нарушении водного законодательства Республики Казахстан в правоохранительные органы и суд для привлечения виновных к ответственности в соответствии с законами Республики Казахстан;
18) в случае нарушения водного законодательства Республики Казахстан предъявление в суд исков о возмещении ущерба, нанесенного государству;
19) информирование населения о проводимой работе по рациональному использованию и охране водного фонда, о принимаемых мерах по улучшению состояния и качества вод;
20) взаимодействие с местными исполнительными органами областей (городов республиканского значения, столицы) и другими заинтересованными государственными органами по вопросам использования и охраны водного фонда, водоснабжения и водоотведения;
21) проведение работ по просвещению и воспитанию населения в деле рационального использования и охраны водного фонда;
23) пломбирует приборы учета вод, устанавливаемые на сооружениях или устройствах по забору или сбросу вод физическими и юридическими лицами, осуществляющими право специального водопользования;
24) организация работы бассейнового совета, проведение консультаций с членами бассейнового совета по вопросам использования и охраны водного фонда на территории бассейна, анализ рекомендаций, подготовленных бассейновым советом, осуществление мер по их реализации, доведение рекомендаций бассейнового совета до заинтересованных государственных органов и водопользователей;
25) регистрирует декларации безопасности плотин для присвоения регистрационных шифров.